Bereits Ende des 16. Jahrhunderts litt Korea unter den ständigen Überfällen von japanischen Piraten, die vielfach von ihren Daimyos unterstützt wurden. Dies endete erst als HIDEYOSHI 1590 das in viele Feudalgebiete zersplitterte Japan einte.

Zu einem vorprogrammierten Konflikt zwischen Korea und Japan kam es 1592, als Hideyoshi durch Korea marschieren wollte um China zu erobern. Da aber Korea in engen Beziehungen zu China stand konnten sie Hideyoshis Forderungen nicht erfüllen. Am 23. Mai 1592 fiel daher die Japanische Armee mit 150.000 Mann plündernd und mordend in das wenig vorbereitete Korea ein.  Die Invasionstruppen, ausgerüstet mit Luntenschloßgewehren, drangen innerhalb kürzester Zeit bis Seoul vor. Der koreanische König musste fliehen, und rief seine chinesischen Bündnispartner zur Unterstützung. 

Bei den folgenden Rückeroberungsschlachten gerieten die Japaner immer mehr ins Hintertreffen. Außerdem wurde ihr Nachschub von See durch den koreanischen Admiral YI-SUN-SHIN, und seine �Schildkrötenschiffe� lahmgelegt.
Im Mai 1593 zog sich das japanische Heer mittels eines Waffenstillstand-Abkommens in die südlichen Küstengebiete Koreas zurück. 

Da die Friedensverhandlungen mit China aber zu keinem Erfolg führten, mobilisierte Hideyoshi 1597 eine zweite Landungsarmee, die in der Stärke ungefähr der ersten entsprach.  Doch diesmal trafen die Japaner auf einen vorbereiteten Gegner. Zwar zogen sich die Kämpfe bis in den Oktober 1598, doch durch die Nachricht von Hideyoshis Tod wurden die Kämpfe eingestellt, und die Invasionsarmee zog ab.

Die japanischen Feldzüge hatten in Korea schwerste Verwüstungen angerichtet, einen Bevölkerungsrückgang bewirkt und den Verlust vieler Kunsthandwerker zufolge, insbesondere Töpfer, die nach Japan verschleppt worden waren und dort diesen Kunstzweig zur Blüte brachten.

Es vergingen kaum dreissig Jahre, da war Korea bereits wieder in einen Krieg verwickelt. Diesmal sollte es seinem Bündnispartner China gegen die einfallenden Mandschu beistehen. Als 1627 eine mandschurische Armee von 30.000 Mann von Norden in das Land einfiel, bleibt dem koreanischen König nichts anderes übrig, als den Friedensbedingungen der Invasoren zuzustimmen. 

1637 nach einem erneuten Feldzug der Manschu schlitterte Korea endgültig in ein Vasallenverhältnis, das offiziell bis 1894 bestand, praktisch aber bis zum Ende der Yi-Dynastie 1910 währte. 
Allerdings zeigten sich die Manschu gnädig. Sie überliesen Korea völlig seine innerkoreansiche Politik, und setzten auch die Tributzahlungen niedriger an.

Im 17. Und 18. Jahrhundert erfolgten die ersten Kontakte Koreas mit Europäern. Über China kamen durch den italienischen Missionar Ricci zu Beginn des 17. Jahrhunderts erste Europäische Werke nach Korea. Unter anderem eine Europakarte und theologische Schriften. Die desolaten Zustände des Staates zum Ende des 18. Jahrhunderts bildeten einen idealen Nährboden für die Verbreitung des christlichen Gedankengutes. Bereits 1795 gab es in Korea den ersten christlich ordinierenden Priester chinesischer Abstammung: Chou Wen Mu.

Etwa zur gleichen Zeit kam die SIRHAK-BEWEGUNG auf. Die Anhänger dieser Bewegung die übersetzt ungefähr �Bewegung des praktischen Lernens� heißt, setzten sich kritisch mit dem Konfuzianismus auseinander. Sie lehnten die hierachische Ordnung ab. Nach ihrer Ansicht kann der König nicht ohne sein Volk existieren, sehr wohl aber das Volk ohne König. Durch die Aufgeschlossenheit gegenüber westlichen Gedankenguts und westlicher Technik, pflanzte diese Gruppierung erste demokratische Ideen in das Bewußtsein der Bevölkerung.

Um 1860 gründete der aus einem verarmten Adelshaus stammende Choe Che U die TONGHAK-SEKTE (�östliches Lernen). Sie wirkte vor allem als Gegenpol zum SOHAK (�westliches Lernen� = katholizismus) das durch die Missionsarbeit von französischen Patres ab 1836 Verbreitung fand.

1866 kam es unter dem regierenden König, einem überzeugten Konfuzianisten zu den ersten Christenverfolgungen, wobei 8.000 koreanische Katholiken und 12 französische Priester ihr Leben verloren. 

Ab 1860 erschienen immer häufiger europäische Kriegsschiffe an der koreanischen Küste. Durch diese Machtdemonstrationen gelang es den verschiedensten europäischen Mächten, ihre Gesandtschaften in Korea zu etablieren. Von diesen gingen immer wieder Einmischungen in die Außenpolitik Koreas aus.

Auch innenpolitisch kam es immer mehr zu Flügelkämpfen der Parteien, so daß Korea am Ende des 19. Jahrhunderts in einem politischen Chaos unterzugehen drohte. 
Mit den westlichen Gesandtschaften wurden die sogenannten �ungleichen Verträge� geschlossen, die es den Amerikanern, Russen, Italienern und Deutschen ermöglichten, in den nun offenen koreanischen Häfen neue Absatzmärkte zu etablieren.

 Durch den japanisch-chinesichen Krieg, 1895, in dem die Chinesen unterlagen, gewannen wiederum die Japaner die Oberhoheit über Korea. Zwar wurde im Vertrag von �Shimonoseki� Korea formal Unabhängigkeit zugesprochen, doch verließen die japanischen Besatzer nicht das Land. Sie nutzten ihre Vormachtstellung und bauten die Infrastruktur mit Telegraphen- und Eisenbahnverbindungen aus. Auch reformierten sie grundlegende koreanische Gesetze.  So wurden z.B. die Kinderehen verboten, Witwen durften wieder heiraten, Mädchen konnten öffentliche Schulen besuchen, und die alte Kleiderordnung wurde aufgehoben.
Nach der Ermordung der amtierenden koreanischen Königin Min, am 08. Oktober 1895, und deren Gefolgsleute die gegen die japanischen Reformen opponiert hatten, wurde von den Japanern zwei Jahre später, 1897, das Kaiserreich ausgerufen.

In den letzten Jahren des 19. Jahrhunderts war es zwischen Japan und Russland immer wieder zu Konflikten gekommen, die 1904 zum Ausbruch des Russisch-Japanischen-Krieges führen. 

Erst durch die Vermittlung des amerikanischen Präsidenten Theodor Roosevelt kommt es am 05. September 1905 zur Unterzeichnung des Friedensvertrages von �PORTSMOUTH�. Darin werden Japan offiziell politische, militärische und ökonomische Interessen in Korea zugestanden, und somit die endgültige Annexion Koreas an das Japanische Kaiserreich eingeleitet. Fortan durfte die koreanische Souveränität in keinem internationalen Vertrag mehr erscheinen. Gesetze wurden geändert, so daß Japaner auch Land in Korea kaufen konnten. 

1907 gab es bereits 7.745 japanische Landbesitzer auf der koreanischen Halbinsel. 

Korea wurde zur japanischen Kolonie, deren Status mit dem Ende der Yi-Dynastie 1910 endgültig besiegelt war. 
Am 22. August 1910 erfolgte die Unterzeichnung des Annexionsvertrages. Dadurch übernahmen die Japaner die volle Macht in Korea.